由于我国幅员辽阔，各地资源分配不均。因此，我国的高等教育宏观结构布局存在较多的问题。首先是高等教育在各区域间存在的教育规模不均衡。从宏观层面分，我国的高等教育存在东中西三地区不均衡问题，即整体的教育规模是东部高于中部，而中部又优于西部。从微观层面分析，虽然同属于东部地区，在省级城市与市级城市之间的师资水平、办学效益等也存在较大差异。[4]有研究指出，由于中西部地区存在人口、经济发展的落后性，使得该地区的教育规模等也存在明显不足。随着高等教育生源的扩招，这种区域不均衡性有所减弱，但难以从根本上消除。其次，高等教育存在区域间的财政支持投入不均衡。区域的财政投入除根据国家相关政策进行投入外，还与当地的经济收入密切相关。最后，在高考录取上地区也存在较大差异，这也是一直以来最受争议的话题，当前还没有很好的解决方法。