完整科学的预算绩效管理体系，需要考虑资金投入和产出两方面。一方面，重视投入成本管理。以往受收付实现制会计核算基础的制约,高校一直以来教育成本意识尤为淡漠,对资金使用效益普遍重视不够。新出台的《高等学校会计制度》规定：“高等学校会计核算一般采用收付实现制，但部分经济业务或者事项的核算应当按照本制度的规定采用权责发生制。”《高等学校财务制度》规定“高等学校应当根据事业发展需要，实行内部成本费用管理。”因此，高校应该严格按制度规定，以预算管理为起点，以权责发生制为基础，按照财权和事权相匹配原则建立目标——任务——绩效挂钩的绩效考评机制，适时分类测算教学、科研、管理、后勤保障等运行成本，核定符合学校办学需要的培养学生的全部成本，分析评价各类预算项目的社会效益和经济效益，正确反映高校预算期内实际耗用的教育成本,建立经费使用的激励约束机制，调整粗放型经费管理模式，逐步向办学质量、规模、效益相统一的内涵式发展方向发展。另一方面，重视产出效益的评价。每年预算执行完成后，财务部门和审计部门应该利用科学的定量和定性指标相结合的方法，组织相关部门及人员对各部门预算执行情况进行考核和评价。将各个部门的预算执行结果与绩效挂钩，对绩效好的部门予以奖励，对无绩效或低绩效的部门，进行责任追究。